Cục Hàng không Việt Nam đánh giá, đây là sự cố uy hiếp an toàn hoạt động bay nghiêm trọng. Nếu không được phát hiện và xử lý kịp thời, thì có thể dẫn đến tai nạn. Do đó, Cục Hàng không Việt Nam quyết định thu hồi giấy phép và chứng chỉ của kíp trưởng kíp trực Phan Nho Quang. Đồng thời, không làm thủ tục đề nghị và kiểm tra cấp giấy phép cho kiểm soát viên không lưu thực tập Trương Nguyễn Quỳnh Anh trong phạm vi tối thiểu 1 năm kể từ ngày xảy ra sự cố để tiếp tục huấn luyện thêm.

Đối với Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam, yêu cầu đình chỉ công việc đối với Giám đốc Công ty Quản lý bay miền Trung trong vòng 15 ngày để thực hiện việc kiểm điểm và xử lý trách nhiệm; tổ chức kiểm điểm và xử lý trách nhiệm Phó giám đốc phụ trách công tác không lưu và Phó giám đốc trực ngày 27/6/2014 của Công ty Quản lý bay miền Trung.

Cục Hàng không Việt Nam cũng kiến nghị Bộ Giao thông Vận tải xem xét kỷ luật đối với cán bộ lãnh đạo Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam liên quan đến trách nhiệm của người đứng đầu đã để xảy ra các vi phạm tại đơn vị thuộc quyền quản lý.

Để không xảy ra trường hợp tương tự, Cục Hàng không Việt Nam yêu cầu Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam tổ chức rút kinh nghiệm về sự cố nêu trên và phổ biến làm bài học kinh nghiệm cho toàn bộ lực lượng kiểm soát viên không lưu. Đồng thời, chấn chỉnh ngay tình trạng bố trí, quản lý ca trực đảm bảo theo đúng quy định và tài liệu hướng dẫn khai thác của các cơ sở cung cấp dịch vụ bảo đảm hoạt động bay, tuyệt đối không để kiểm soát viên không lưu thực tập trực tiếp làm nhiệm vụ điều hành bay, hiệp đồng điều hành bay.

Cục Hàng không Việt Nam cũng đã ban hành Chỉ thị số 2497/CT-CHK ngày 11/7 về việc tăng cường kiểm tra, giám sát việc quản lý, duy trì ca kíp trực tại các cơ sở cung cấp dịch vụ không lưu.