Khu thương mại tự do Đà Nẵng có các khu chức năng được quy định tại quyết định thành lập Khu thương mại tự do Đà Nẵng của Thủ tướng Chính phủ, bao gồm khu sản xuất, trung tâm logistics, khu thương mại - dịch vụ và các loại hình khu chức năng khác theo quy định của pháp luật. Các khu chức năng thuộc Khu thương mại tự do Đà Nẵng được ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng, bảo đảm hoạt động kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan của cơ quan hải quan và hoạt động quản lý nhà nước theo lĩnh vực tương ứng của các cơ quan có liên quan theo quy định của pháp luật. Quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu chức năng thuộc Khu thương mại tự do Đà Nẵng với khu vực bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật về hải quan, thuế và xuất khẩu, nhập khẩu.

Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập, điều chỉnh, mở rộng ranh giới Khu thương mại tự do Đà Nẵng. Trình tự, thủ tục thành lập, điều chỉnh, mở rộng ranh giới Khu thương mại tự do Đà Nẵng được thực hiện như trình tự, thủ tục thành lập, điều chỉnh, mở rộng ranh giới đối với khu kinh tế theo quy định của pháp luật. Ủy ban nhân dân Thành phố chấp thuận chủ trương đầu tư dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng các khu chức năng thuộc Khu thương mại tự do Đà Nẵng.

Đối với việc hỗ trợ hoạt động đổi mới sáng tạo và khởi nghiệp, vi mạch bán dẫn, trí tuệ nhân tạo trên địa bàn Thành phố, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời hạn 5 năm từ thời điểm phát sinh thuế thu nhập phải nộp đối với thu nhập từ hoạt động khởi nghiệp đổi mới sáng tạo của doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, doanh nghiệp vi mạch bán dẫn, trí tuệ nhân tạo; thu nhập từ hoạt động hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo đối với tổ chức khoa học và công nghệ, Trung tâm hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo và các tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo phát sinh trên địa bàn Thành phố. Trường hợp doanh nghiệp thuộc đối tượng áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu thì thực hiện nộp thuế theo quy định tương ứng.

Ủy ban nhân dân Thành phố quyết định việc thử nghiệm có kiểm soát có thời hạn đối với các công nghệ, sản phẩm, dịch vụ, mô hình kinh doanh mới trong Khu công nghệ cao, Khu công nghệ thông tin tập trung, Trung tâm hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, không gian đổi mới sáng tạo do ngân sách Thành phố đầu tư. Thời hạn thực hiện thử nghiệm có kiểm soát tối đa là 3 năm và có thể được gia hạn một lần không quá 3 năm. Bộ, cơ quan ngang bộ có trách nhiệm cho ý kiến đối với các nội dung mà Ủy ban nhân dân Thành phố có yêu cầu tham vấn.

Thành phố thực hiện cơ chế tạo nguồn cải cách tiền lương theo quy định. Sau khi ngân sách Thành phố bảo đảm nguồn cải cách tiền lương và các chính sách an sinh xã hội cho cả thời kỳ ổn định ngân sách theo quy định của cấp có thẩm quyền, Hội đồng nhân dân Thành phố quyết định bố trí ngân sách Thành phố để chi thu nhập tăng thêm cho cán bộ, công chức, viên chức do Thành phố quản lý theo hiệu quả công việc, ngoài việc thực hiện chi thu nhập tăng thêm theo quy định của pháp luật hiện hành về cơ chế tự chủ tài chính đối với cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập với mức không vượt quá 0,8 lần quỹ lương cơ bản của cán bộ, công chức, viên chức thuộc phạm vi quản lý...