Chúng ta có thể hiểu rằng: Đảng Cộng sản Việt Nam, cấp ủy, tổ chức đảng các cấp chính là chủ thể lãnh đạo phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”. Sở dĩ như vậy là vì, Đảng ta là Đảng cầm quyền, thực hiện sứ mệnh lãnh đạo sự nghiệp cách mạng Việt Nam, theo đó Đảng lãnh đạo Nhà nước và các tổ chức trong hệ thống chính trị, lãnh đạo toàn diện các lĩnh vực kinh tế, chính trị, văn hóa, xã hội, quốc phòng, an ninh, đối ngoại. Cuộc đấu tranh phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” là một bộ phận của cuộc đấu tranh trên lĩnh vực lý luận, tư tưởng-văn hóa; là một nội dung của công tác xây dựng Đảng, xây dựng Nhà nước, liên quan trực tiếp đến sự tồn vong của chế độ xã hội chủ nghĩa, vì vậy Đảng phải lãnh đạo nhiệm vụ này là tất yếu, khách quan. Hệ thống cấp ủy, tổ chức đảng các cấp là chủ thể lãnh đạo phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” theo phạm vi chức năng, quyền hạn của từng cấp. Để thực hiện tốt nhiệm vụ lãnh đạo, Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư xác định phương hướng, chủ trương, biện pháp lãnh đạo trong các văn kiện, nghị quyết, chỉ thị, trong nghị quyết chuyên đề về làm cơ sở để cấp ủy, tổ chức đảng các cấp nghiên cứu, quán triệt, xác định những chủ trương, biện pháp lãnh đạo, chương trình, kế hoạch... phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” ở cấp mình.  

Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, cả cơ quan lập pháp, hành pháp và tư pháp là chủ thể quản lý, điều hành nhiệm vụ phòng, chống "tự diễn biến", "tự chuyển hóa" ở nước ta hiện nay. Hệ thống cơ quan chính quyền các cấp từ Trung ương đến cơ sở là chủ thể quản lý, điều hành các hoạt động và trực tiếp xử lý các biểu hiện “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” ở cơ quan, đơn vị, địa phương thuộc quyền. Để thực hiện vai trò quản lý, điều hành của mình, Nhà nước ban hành những luật, nghị định, những văn bản quy phạm pháp luật, quy định, quy chế... nhằm ngăn ngừa những nguồn gốc, nguyên nhân dẫn đến “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”, xử lý các hành vi vi phạm pháp luật, trái với đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước. Chính quyền các cấp dựa trên hệ thống luật pháp, chính sách của Nhà nước, đường lối, quan điểm của Đảng, chỉ thị, nghị quyết của cấp ủy cấp trên, cấp mình để thực hiện chức năng quản lý, điều hành hoạt động phòng, chống "tự diễn biến", "tự chuyển hóa" trong phạm vi cơ quan, đơn vị, địa phương, ban, ngành của mình.

Đội ngũ cán bộ, đảng viên và nhân dân là chủ thể thực hiện phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” ở nước ta. Những biểu hiện “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” diễn ra ở mỗi con người và tổ chức, gắn với hoạt động của các cơ quan, đơn vị, địa phương. Chính vì vậy, đội ngũ cán bộ, đảng viên, nhân dân, cán bộ, chiến sĩ trong LLVT ở từng cơ quan, đơn vị hiểu rõ tổ chức nào, cá nhân nào thực sự là tiên phong, mẫu mực, trung kiên, trong sạch, liêm khiết; còn tổ chức nào, cá nhân nào đang bị “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”. Do đó, phòng, chống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” cần được tiến hành ngay từ cơ sở, trong từng cơ quan, đơn vị, địa phương, từ đó góp phần vào kết quả phòng, chống "tự diễn biến", "tự chuyển hóa" trong toàn xã hội. 

Theo QĐND