Theo Quyết định ngày 10/7/2008 của Ban Bí thư TW, về việc chỉ định Ban Chấp hành Đảng bộ Thành phố Hà Nội gồm 99 đồng chí, trong đó có 23 đồng chí trong Ban Thường vụ. Đồng chí Phạm Quang Nghị, Ủy viên Bộ Chính trị được chỉ định là Bí thư Thành ủy Hà Nội. 5 Phó Bí thư gồm: Nguyễn Thế Thảo, Ngô Thị Doãn Thanh, Bùi Duy Nhâm, Nguyễn Công Soái, Tưởng Phi Chiến. Ủy ban Kiểm tra bao gồm 19 đồng chí. Đồng chí Tưởng Phi Chiến làm Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra.

Dự lễ ra mắt bộ máy lãnh đạo của Thủ đô mới, Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh đánh giá cao tinh thần đoàn kết, đồng tâm hiệp lực của lãnh đạo các địa phương hợp nhất về Hà Nội: "Điều này sẽ tạo thêm sức mạnh mới cho Thủ đô. Hà Nội sẽ càng ngày càng có thêm tiềm năng mới". Tổng Bí thư cũng lưu ý, Thủ đô sau mở rộng đang đứng trước nhiều thách thức. Khó khăn lớn nhất là khối lượng công việc nhiều, trong đó khu vực nông thôn mở rộng, tỷ lệ hộ nghèo lớn hơn. Việc tổ chức, sắp xếp lại bộ máy cũng đặt ra những yêu cầu cao hơn về năng lực lãnh đạo, quản lý, điều hành. Theo Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh, Hà Nội phải khẩn trương sắp xếp đội ngũ cán bộ và đảm bảo các điều kiện cho bộ máy tiếp tục làm việc thông suốt. Quy hoạch Thủ đô mới cũng là nhiệm vụ cấp bách cần ưu tiên. "Phải rà soát lại các quy hoạch, dự án hiện có, điều chỉnh theo quy hoạch chung, với chiến lược phát triển dài hạn cho tầm nhìn 50 năm". Theo đó, thời gian tới cần tranh thủ tận dụng kinh nghiệm của các chuyên gia tư vấn quốc tế. Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh yêu cầu lãnh đạo thành phố hoàn thiện các cơ chế chính sách chung và nghiên cứu các chính sách đặc thù cho từng khu vực, đơn vị, sở, ngành.

 Bí thư Thành ủy Hà Nội, Đ/c Phạm Quang Nghị cam kết: "Sẽ cùng nhau đoàn kết, hợp tác. Tập trung vào việc kiện toàn bộ máy, sắp xếp nhân sự, sớm ổn định tổ chức kiên quyết không làm gián đoạn công việc. Thành phố cũng sẽ nhân dịp này để nhận xét, đánh giá cán bộ thật chính xác".

Nhân sự lãnh đạo chủ chốt của Thành phố, bao gồm: Thường trực Thành ủy gồm 6 đồng chí: Phạm Quang Nghị, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy; Nguyễn Thế Thảo, Uỷ viên TW Đảng, Phó Bí thư Thành ủy, Chủ tịch UBND Thành phố; Bùi Duy Nhâm, Phó Bí thư Thường trực Thành ủy; Ngô Thị Doãn Thanh, Phó Bí thư Thành ủy, Chủ tịch HDND Thành phố; Nguyễn Công Soái, Phó Bí thư Thành ủy, Trưởng Ban Tổ chức Thành ủy; Tưởng Phi Chiến, Phó Bí thư Thành ủy, Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Thành ủy.

Lãnh đạo Thành ủy cũng đã công bố danh sách Thường trực và các ban của HĐND Thành phố, bao gồm: Đồng chí Ngô Thị Doãn Thanh, Chủ tịch HĐND Thành phố, 2 Phó Chủ tịch là Lê Quang Nhuệ, Nguyễn Văn Phúc, 2 Ủy viên thường trực là Lê Văn Hoạt, Nguyễn Thị Thu; lãnh đạo UBND Thành phố (vừa đựơc HDND Thành phố bầu ra tại kỳ họp hợp nhất) gồm: Đồng chí Nguyễn Thế Thảo, Chủ tịch; 8 Phó Chủ tịch: Phí Thái Bình, Nguyễn Huy Tưởng, Vũ Hồng Khanh, Đào Văn Bình, Ngô Thị Thanh Hằng, Trịnh Duy Hùng, Hoàng Mạnh Hiển, Nguyễn Văn Khôi.

Lãnh đạo Thành phố cũng đã công bố danh sách lãnh đạo chủ chốt các sở, ngành, Thường trực MTTQ và trưởng các đoàn thể chính trị của thành phố.