Trong thời gian thăm, Tổng Bí thư Nông Ðức Mạnh đã hội kiến Nhật Hoàng và hội đàm với Thủ tướng Nội các Taro Aso, gặp gỡ lãnh đạo các giới chính trị, kinh tế,... Trong cuộc hội đàm với Thủ tướng Nội các Taro Aso, Tổng Bí thư Nông Ðức Mạnh đã trân trọng nhắc lại lời mời Nhật Hoàng, Hoàng hậu cùng các thành viên Hoàng gia Nhật Bản sang thăm Việt Nam vào dịp thích hợp. Tổng Bí thư Nông Ðức Mạnh cũng trân trọng mời Thủ tướng Nội các Taro Aso sang thăm Việt Nam vào thời gian thuận lợivà Thủ tướng Nội các Taro Aso đã vui vẻ nhận lời mời.

Trong cuộc hội đàm giữa Tổng Bí thư Nông Ðức Mạnh và Thủ tướng Nội các Taro Aso ngày 20-4, hai bên đã bày tỏ vui mừng trước sự phát triển tốt đẹp của quan hệ giữa hai nước Việt Nam và Nhật Bản trong những năm gần đây, đồng thời nhất trí phát triển quan hệ đối tác chiến lược vì hòa bình và phồn vinh ở châu Á đã được xây dựng giữa nước CHXHCN Việt Nam và Nhật Bản.

Hai bên thống nhất sẽ hợp tác chặt chẽ trong các vấn đề quan hệ song phương, cũng như trong các vấn đề của khu vực châu Á và cộng đồng quốc tế trên cơ sở tin tưởng và lợi ích chung, vì hòa bình, ổn định, hợp tác và phồn vinh ở châu Á.

Hai bên khẳng định lại Tuyên bố chung "Hướng tới đối tác chiến lược vì hòa bình và phồn vinh ở châu Á" được công bố ngày 19-10-2006, đồng thời hoan nghênh việc thực hiện có kết quả "Chương trình hợp tác hướng tới quan hệ đối tác chiến lược giữa Việt Nam và Nhật Bản" được công bố ngày 27-11-2007.

Sau khi hai văn kiện chung này được công bố, quan hệ hợp tác nhiều mặt giữa hai nước đã có những tiến triển vượt bậc trên các lĩnh vực như chính trị, kinh tế, văn hóa, giao lưu nhân dân,... và ở tất cả các cấp. Những chuyến thăm cấp cao giữa hai nước đã được thực hiện như chuyến thăm Nhật Bản tháng 10-2006 của Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng, chuyến thăm Việt Nam tháng 11-2006 của Thủ tướng Nội các Shinzo Abe, chuyến thăm Nhật Bản tháng 11-2007 của Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết, chuyến thăm Nhật Bản tháng 3-2008 của Chủ tịch QH Nguyễn Phú Trọng, chuyến thăm Việt Nam tháng 2-2009 của Hoàng Thái tử Nhật Bản. Năm 2008, hai bên đã tổ chức nhiều hoạt động kỷ niệm 35 năm thiết lập quan hệ ngoại giao Việt Nam - Nhật Bản. Tháng 4-2009, Tổng Lãnh sự quán Việt Nam tại Phư-cư-ô-ca đã được thành lập. Trong lĩnh vực kinh tế, mục tiêu đến năm 2010 đạt 15 tỷ USD tổng kim ngạch thương mại giữa hai nước (nêu trong Tuyên bố chung năm 2006) đã được hoàn thành trước hai năm vào năm 2008 và tháng 12-2008, hai nước đã ký Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (VJEPA). Các hoạt động giao lưu văn hóa và giao lưu nhân dân đã được mở rộng; hợp tác giữa hai nước trong các lĩnh vực khoa học - công nghệ, giáo dục - đào tạo, du lịch, lao động,... cũng đã được tăng cường.

Phía Việt Nam đánh giá cao và bày tỏ cảm ơn chân thành những hỗ trợ có hiệu quả về viện trợ phát triển chính thức (ODA) của Chính phủ Nhật Bản đối với việc phát triển kinh tế-xã hội, xóa đói, giảm nghèo của Việt Nam; đánh giá cao việc mở rộng đầu tư trực tiếp tư nhân của Nhật Bản ở Việt Nam. Phía Nhật Bản đánh giá cao những giải pháp nhằm phát triển kinh tế-xã hội và kiềm chế lạm phát, duy trì tăng trưởng kinh tế của Việt Nam; bày tỏ tin tưởng Việt Nam sẽ tiếp tục phát triển và đạt được những thành tựu mới trong sự nghiệp đổi mới, công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, phát huy vai trò tích cực ở khu vực và trên thế giới.

Hai bên đánh giá cao sự hợp tác của Nhật Bản đối với các nước tiểu vùng Mê Công, bao gồm các dự án hợp tác phát triển tiểu vùng Mê Công và Năm giao lưu Nhật Bản - Mê Công 2009, đã đóng góp to lớn cho sự phát triển của tiểu vùng Mê Công và góp phần thu hẹp khoảng cách phát triển giữa các nước trong Hiệp hội các quốc gia Ðông - Nam Á (ASEAN), đồng thời thúc đẩy hòa bình, hợp tác và phát triển ở khu vực.

Hai bên khẳng định sự hợp tác giữa Việt Nam và Nhật Bản đang được mở rộng không chỉ trong quan hệ song phương, mà cả ở khu vực và trên trường quốc tế.

Trên tinh thần đối tác chiến lược vì hòa bình và phồn vinh ở châu Á, hai bên khẳng định cùng quyết tâm phát triển hơn nữa quan hệ giữa hai nước, đi sâu và mở rộng hợp tác trên các lĩnh vực như sau:

Hai bên khẳng định sẽ tiến hành các chuyến thăm hằng năm ở cấp cao, đồng thời tăng cường hơn nữa việc trao đổi và hợp tác ở cấp Bộ trưởng và quan chức cấp cao giữa các cơ quan liên quan của Chính phủ; thúc đẩy hơn nữa giao lưu giữa Quốc hội, các chính đảng, chính quyền địa phương, nhân dân hai nước.

Hai bên sẽ tổ chức hằng năm các cuộc họp của Ủy ban hợp tác Việt Nam - Nhật Bản; tăng cường các cơ chế đối thoại chính trị cấp Thứ trưởng Ngoại giao; xúc tiến giao lưu quan chức cấp cao và tăng cường trao đổi cấp Cục, Vụ trưởng liên quan đến an ninh - quốc phòng; thúc đẩy hợp tác trên các lĩnh vực pháp chế tương xứng với mối quan hệ chặt chẽ giữa hai nước.

Hai bên tin tưởng Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản có vai trò to lớn đối với sự phát triển quan hệ kinh tế giữa hai nước, đồng thời hợp tác để hiệp định này nhanh chóng có hiệu lực và thực hiện một cách thuận lợi. Thông qua những hoạt động như "Sáng kiến chung Việt - Nhật nhằm cải thiện môi trường kinh doanh với mục tiêu tăng cường năng lực cạnh tranh của Việt Nam", hai bên xúc tiến hơn nữa đầu tư vào Việt Nam của các doanh nghiệp Nhật Bản và cải thiện môi trường đầu tư tại Việt Nam. Hai bên tiếp tục gia tăng hợp tác trong các lĩnh vực cải thiện cơ sở hạ tầng, năng lượng, công nghiệp chế tạo, công nghiệp phụ trợ, vận tải hàng hóa, công nghệ thông tin - viễn thông, phòng, chống thiên tai, bảo vệ môi trường,... đồng thời thúc đẩy hợp tác trên các lĩnh vực mới, như sử dụng năng lượng nguyên tử vào mục đích hòa bình, phát triển vũ trụ, máy bay thân thiện với môi trường.

Phía Nhật Bản đánh giá cao quyết tâm phòng, chống tham nhũng của Việt Nam liên quan viện trợ phát triển chính thức (ODA) của Nhật Bản. Hai bên sẽ hợp tác chặt chẽ nhằm thực hiện có hiệu quả viện trợ phát triển chính thức (ODA) của Nhật Bản đối với Việt Nam, thực hiện nghiêm túc mọi biện pháp của Ủy ban hỗn hợp phòng, chống tham nhũng ODA Việt Nam - Nhật Bản. Hai bên sẽ tiếp tục hợp tác nhằm thực hiện các dự án như Ðường bộ cao tốc Bắc - Nam, Ðường sắt cao tốc Bắc - Nam, Khu công nghệ cao Hòa Lạc.

Hai bên sẽ coi trọng và thúc đẩy hợp tác văn hóa, khoa học - công nghệ, giáo dục - đào tạo, giao lưu thanh - thiếu niên; đồng thời tôn trọng truyền thống văn hóa của nhau và thúc đẩy hợp tác trong việc bảo vệ các di sản văn hóa.

Phía Việt Nam hoan nghênh những đóng góp của Nhật Bản trong việc đối phó khủng hoảng tài chính thế giới, bày tỏ tin tưởng rằng Nhật Bản sẽ đóng góp tích cực hơn nữa nhằm khắc phục tình trạng trì trệ của kinh tế châu Á và thế giới.

Liên quan các vấn đề của cộng đồng quốc tế, hai bên sẽ hợp tác chặt chẽ hơn nữa trong các tổ chức, diễn đàn quốc tế mà hai nước đều là thành viên như LHQ, Tổ chức Thương mại thế giới (WTO), Diễn đàn hợp tác kinh tế châu Á - Thái Bình Dương (APEC), Diễn đàn Á - Âu (ASEM), Diễn đàn khu vực ASEAN (ARF), Hội nghị cấp cao Ðông Á (EAS),... Hai bên cũng hợp tác chặt chẽ trong các mối quan hệ hợp tác giữa Nhật Bản và ASEAN, giữa Nhật Bản và các nước tiểu vùng Mê Công. Hai bên sẽ hợp tác nhằm củng cố một thể chế thương mại đa phương tự do, công bằng, bình đẳng, hạn chế khuynh hướng bảo hộ mậu dịch, thúc đẩy Vòng đàm phán Ðô-ha, trong khuôn khổ hiện nay, sớm đi tới một thỏa thuận tích cực và hài hòa. Ðối với các vấn đề có quy mô toàn cầu như biến đổi môi trường - khí hậu, phòng, chống thiên tai, dịch bệnh..., hai bên sẽ thúc đẩy hợp tác trên quan điểm bảo đảm an toàn cho con người. Hai bên sẽ hợp tác để có thể đi tới thỏa thuận về một cơ chế quốc tế công bằng và thiết thực sau năm 2013 về vấn đề biến đổi khí hậu với sự tham gia một cách có trách nhiệm của tất cả các nền kinh tế chủ yếu. Hai bên cũng thúc đẩy hợp tác trong các lĩnh vực giải trừ quân bị và không phổ biến các loại vũ khí giết người hàng loạt, bao gồm cả các lĩnh vực liên quan như Hiệp ước không phổ biến vũ khí hạt nhân (NPT) và Hiệp ước cấm thử hạt nhân toàn diện (CTBT).