Qua thực tiễn, Kiểm toán nhà nước khu vực I cho biết, công tác thu hồi đất, bồi thường, giải phóng mặt bằng còn nhiều hạn chế, vướng mắc chủ yếu như: Thu hồi đất khi chưa đảm bảo các điều kiện và trình tự, thủ tục theo quy định; xác định nguồn gốc đất của các tổ chức, hộ dân chưa rõ ràng, còn chồng lấn.
Mặt khác, giá bồi thường khi Nhà nước thu hồi đất còn thấp, chưa sát với giá thị trường; trình tự, thủ tục thu hồi và bồi thường thiệt hại khi thu hồi đất còn thiếu công khai, minh bạch; một số dự án còn tình trạng trục lợi, xác định sai đối tượng, khối lượng công tác đền bù, hỗ trợ. Việc bố trí tái định cư, hỗ trợ ổn định đời sống, chuyển đổi việc làm chưa đảm bảo yêu cầu... làm cho việc bồi thường, giải phóng mặt bằng kéo dài nhiều năm, chậm được hoàn thành, ảnh hưởng rất lớn tới việc đưa đất đai vào sử dụng theo quy hoạch.
Bên cạnh đó, theo Kiểm toán nhà nước khu vực IV, trong công tác xác định chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng để khấu trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp, còn tình trạng xác định sai vị trí thửa đất dẫn đến việc xác định chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng được khấu trừ vào tiền sử dụng đất phải nộp cao hơn theo quy định.
Ngoài ra, việc xác định thời điểm bồi thường giải phóng mặt bằng để làm căn cứ tính giá đất theo thời điểm bàn giao thực tế không đúng, dẫn đến giảm tiền sử dụng đất phải nộp ngân sách nhà nước. Xác định tiền bồi thường giải phóng mặt bằng được trừ nhiều hơn số tiền bồi thường giải phóng mặt bằng đã được Sở Tài chính đã xác nhận.
Kiểm toán nhà nước đã thực hiện nhiều cuộc kiểm toán chuyên đề hoặc lồng ghép về việc quản lý, sử dụng đất đai và định giá đất tại nhiều địa phương, nhiều dự án có sử dụng đất, như: Chuyên đề kiểm toán việc quản lý, sử dụng đất đô thị; kiểm toán việc quản lý, sử dụng đất của các doanh nghiệp cổ phần hóa; kiểm toán việc quản lý quy hoạch xây dựng đô thị; kiểm toán công tác quản lý nhà nước về đất đai tại một số địa phương giai đoạn 2017 - 2021.
Kiểm toán nhà nước khu vực XIII cho biết, xác định giá để tính tiền bồi thường, hỗ trợ tái định cư còn cho thấy 4 bất cập chủ yếu: Thứ nhất, việc xác định đơn giá bồi thường dựa trên các chứng thư thẩm định giá của đơn vị tư vấn thực hiện. Tuy nhiên, việc xác định giá trong chứng thư thẩm định giá còn chưa đủ cơ sở pháp lý và không đáng tin cậy để thẩm định theo Tiêu chuẩn thẩm định giá Việt Nam số 8 ban hành tại Thông tư số 126/2015/TT-BTC ngày 20/8/2015.
Thứ hai, còn những sai phạm về xác định đơn giá bồi thường tài sản. Đơn cử, địa phương xác định giá cây cao su thanh lý theo cách tiếp cận về chi phí là không phù hợp quy định tại khoản 1 Điều 90 Luật Đất đai năm 2013. (“Đối với cây lâu năm, mức bồi thường được tính bằng giá trị hiện có của vườn cây theo giá ở địa phương tại thời điểm thu hồi đất mà không bao gồm giá trị quyền sử dụng đất” tức là giá bồi thường, hỗ trợ phải được xác định theo cách tiếp cận từ thị trường theo quy định tại Thông tư số 126/2015/TT-BTC ngày 20/8/2015 của Bộ Tài chính - Tiêu chuẩn thẩm định giá số 8. Tuy nhiên, Sở Tài chính không áp dụng phương pháp tiếp cận từ thị trường mà sử dụng cách tiếp cận từ chi phí là chưa phù hợp). Ngoài ra, địa phương còn bồi thường cho cả phần diện tích cây cao su đã hết thời gian khai thác (trong khi vẫn cho phép doanh nghiệp thanh lý cây cao su trong phần diện tích này).
Thứ ba, việc xử lý giá trị thanh lý các tài sản trên đất thu hồi sau khi Nhà nước đền bù vẫn còn vướng mắc. Các tài sản trên đất (cây cao su) sau khi được Nhà nước đền bù thì doanh nghiệp có được thanh lý không hay thuộc về tài sản của Nhà nước? Nếu doanh nghiệp đã thanh lý thì giá trị thanh lý có được khấu trừ vào số tiền đền bù của Nhà nước cho doanh nghiệp hay không.
Thứ tư, quy định trong công tác bồi thường đền bù, thu hồi đất của các cá nhân, hộ gia đình còn một số điểm bất cập. Cụ thể, chính sách hỗ trợ ổn định đời sống được quy định tại khoản 1 Điều 19 Nghị định số 47/2014/NĐ-CP chỉ nêu đối tượng là:“Hộ gia đình, cá nhân được Nhà nước giao đất nông nghiệp...” mà không quy định cụ thể “người trực tiếp sản xuất đất nông nghiệp trên các thửa đất bị thu hồi”. Điều đó dẫn đến hiện tượng, tại các địa phương, một số người nhận chuyển nhượng đất (hình thức bằng hợp đồng ủy quyền) để đầu cơ kiếm chênh lệch từ bán đất, nhưng vẫn được hưởng các khoản hỗ trợ ổn định đời sống.
Đối với chính sách hỗ trợ thu hồi đất không đủ điều kiện bồi thường, Kiểm toán nhà nước khu vực XIII nêu rõ: Có địa phương còn ban hành quy định cho phép bố trí tái định cư cho các hộ gia đình, cá nhân có nhà xây dựng trên đất nông nghiệp trái quy định tại điểm c, khoản 2 Điều 83 Luật Đất đai 2013 (Hỗ trợ tái định cư đối với trường hợp thu hồi đất ở của hộ gia đình, cá nhân, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mà phải di chuyển chỗ ở) và khoản 2 Điều 6 Nghị định số 47/2014/NĐ-CP của Chính phủ (Trường hợp trong hộ gia đình quy định tại khoản 1 Điều này mà trong hộ có nhiều thế hệ, nhiều cặp vợ chồng cùng chung sống trên một thửa đất ở thu hồi nếu đủ điều kiện để tách thành từng hộ gia đình riêng theo quy định của pháp luật về cư trú hoặc có nhiều hộ gia đình có chung quyền sử dụng một thửa đất ở thu hồi thì Ủy ban nhân dân cấp tỉnh căn cứ vào quỹ đất ở, nhà ở tái định cư và tình thực tế tại địa phương quyết định mức đất ở, nhà ở tái định cư cho từng hộ gia đình).
Ngoài ra, các trường hợp này cũng có dấu hiệu không được Nhà nước bố trí chỗ ở (bán, cho thuê, cho thuê mua nhà đất theo giá do UBND cấp tỉnh phê duyệt) theo quy định tại khoản 2 Điều 79 Luật Đất đai năm 2013. Nguyên nhân là do xây dựng nhà trái phép trên đất nông nghiệp trong khi đất nông nghiệp vẫn đủ điều kiện bồi thường về đất có nội hàm khác với trường hợp không đủ điều kiện được bồi thường về đất theo quy định tại khoản 2 Điều 79 Luật Đất đai: Hộ gia đình, cá nhân khi Nhà nước thu hồi đất gắn liền với nhà ở phải di chuyển chỗ ở mà không đủ điều kiện được bồi thường về đất ở, nếu không có chỗ ở nào khác thì được Nhà nước bán, cho thuê, cho mua nhà ở hoặc giao đất ở có thu tiền sử dụng đất.