Tổng cục Thuế cho biết, năm nay, ngành đặt ra mục tiêu tối thiểu kiểm tra 70% số hồ sơ hoàn thuế trước. Trên cơ sở mục tiêu đặt ra, ngành thuế đã phân tích, đánh giá xác định mức độ rủi ro về thuế để lựa chọn các đơn vị, ngành nghề kinh doanh rộng hoặc có số thuế nộp ngân sách lớn để đưa vào kế hoạch thanh tra.
Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài lỗ nhiều năm nhưng vẫn mở rộng hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng có số thuế nộp ít cũng là đối tượng được thanh tra, kiểm tra thuế trong năm nay. Bên cạnh đó là các doanh nghiệp năm trước hoàn thuế giá trị gia tăng lớn; được miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp trong năm đầu tiên.
Ngoài ra, Cục, Chi cục thuế sẽ rà soát nâng cấp các chương trình phần mềm tin học hiện có phục vụ cho công tác thanh tra, kiểm tra; xây dựng chương trình phần mềm tích hợp các thông tin dữ liệu, phần mềm hỗ trợ kiểm tra khai thuế, hồ sơ hoàn thuế.
Năm 2009, tổng số hồ sơ đã được ngành kiểm tra là gần 967.000. Số hồ sơ thuế kiểm tra tại trụ sở chiếm trên 90%, còn lại là kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Trong đó, số thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế là 1.120 tỷ đồng. Số thuế truy thu và phạt khi kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế là 1.510 tỷ đồng, tỷ lệ tiền thuế đã nộp/số thuế truy thu và phạt là 36%./.