Ngoài việc đình chỉ xả thải, Vedan phải cải tạo toàn bộ hệ thống thu gom, xử lý nước thải đảm bảo quy chuẩn kỹ thuật về chất thải theo quy định. Hệ thống thu gom và cửa xả nước thải phải được đặt ở vị trí thuận lợi cho việc kiểm tra, giám sát. Công ty này cũng phải có trách nhiệm đền bù thiệt hại về kinh tế và môi trường đối với hành vi gây ô nhiễm đã gây ra.

Bộ Tài nguyên Môi trường cũng sẽ truy thu khoản phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp mà Vedan đã trốn nộp là 127 tỷ đồng (trước đó, con số này ước tính khoảng 91 tỷ đồng).

Theo kết quả kiểm tra bước đầu của Bộ Tài nguyên Môi trường, Vedan Việt Nam vi phạm 12 lỗi. Vedan đã thiết kế, lắp đặt các hệ thống xả trộm. Bồn chứa, bể chứa dịch thải sau lên men bột ngọt và lysine được đặt lẫn trong khu bồn chứa nguyên liệu mật rỉ đường và hóa chất sản xuất. Hệ thống đường ống chằng chịt hầu hết chìm dưới đất.

Các đường ống đấu nối với hệ thống máy bơm áp lực cao có các van được điều khiển theo ý của người vận hành, ngụy trang rất tinh vi. Nhìn bề ngoài dễ lầm tưởng là hệ thống máy bơm nước từ sông Thị Vải vào hoặc bơm dịch thải sau lên men tới khu cô đặc để sản xuất phân bón.

Theo cơ quan chức năng, hiểu tường tận hệ thống này chỉ có 3 người Đài Loan, trong đó ông Chen Ping Huei, Phó tổng giám đốc Vedan Việt Nam, là người chỉ đạo trực tiếp hoạt động của hệ thống xả thải bí mật này.
đạo trực tiếp hoạt động của hệ thống xả thải bí mật này.Bộ Tài nguyên Môi trường đang hoàn tất hồ sơ, chuyển cho cơ quan chức năng điều tra theo quy định của pháp luật, nếu vi phạm của Vedan có dấu hiệu tội phạm.

Dự kiến, cuối tuần này, Bộ Tài nguyên Môi trường sẽ báo cáo kết quả toàn diện vụ Vedan lên Thủ tướng.