Điều khiến giới khoa học và các nhà quản lý lo ngại hơn cả lại ở chính ý thức của người dân tham gia vào quá trình bảo vệ di sản quý báu này, nhất là vấn nạn "sờ bia, xoa đầu rùa" đã đến hồi báo động, không thể kiểm soát được. TS Đặng Kim Ngọc, Giám đốc Trung tâm HĐVHKH Văn Miếu - Quốc Tử Giám cho biết: Để ngăn chặn tình trạng xâm hại đến di sản Bia Tiến sĩ, Trung tâm đang nghiên cứu xây dựng phương án bảo vệ theo hướng ngăn cách sự tiếp cận trực tiếp của du khách với các tấm bia. Có 2 phương án được đề xuất. Phương án thứ nhất sử dụng hàng rào trong suốt bằng kính chịu lực (cao trên đầu người) bao quanh nhà bia, vừa bảo đảm thông thoáng bên trong và bên ngoài, vừa đáp ứng nhu cầu thưởng lãm của du khách. Phương án thứ hai sử dụng hàng rào ngăn cách bằng gỗ, với màu sắc và họa tiết trang trí theo lối cổ. Tuy nhiên, phương án này có mặt hạn chế là che tầm nhìn, khi đông khách làm giảm hiệu quả chiêm ngưỡng di sản. Trước mắt, Trung tâm đã triển khai ngay việc làm hàng rào bao quanh khu vực nhà bia bằng hệ thống cột chắc chắn hơn, có chăng dây bọc bằng nhựa, vải xung quanh. "Nhưng đây vẫn chỉ là giải pháp tình thế, trong khi chờ đợi phương án tối ưu do cấp có thẩm quyền phê duyệt", ông Ngọc nhấn mạnh.

Cùng với phương án bảo vệ, Trung tâm Văn Miếu đã khẩn trương hoàn thiện bài thuyết minh về giá trị Bia Tiến sĩ, in tờ gấp, sách khảo liệu và dịch toàn bộ nội dung 82 tấm Bia Tiến sĩ ra tiếng Anh… Một số ý kiến cũng đề xuất nên có bản dịch các bài văn bia ra tiếng Việt, để mọi người cùng tham khảo, biết được cái hay, cái đẹp, độc đáo của di sản. Nhờ những giá trị tinh thần vô giá, từ lâu Văn Miếu - Quốc Tử Giám đã trở thành địa chỉ du lịch văn hóa nổi tiếng của Thủ đô. Năm 2009 đã đạt con số trên 1 triệu lượt khách tham quan. Năm 2010, trong những ngày Tết Nguyên đán đã có hơn 300.000 lượt khách đến Văn Miếu du xuân.