Theo quy định của Luật Môi trường, UBND tỉnh là cơ quan quản lý nhà nước về môi trường trên địa bàn. Sở Tài nguyên Môi trường là cơ quan tham mưu, chịu trách nhiệm giám sát thực hiện quản lý nhà nước về môi trường trên địa bàn, tổ chức các cuộc thanh tra, kiểm tra định kỳ và đột xuất.
Theo Luật Môi trường, các cuộc thanh tra về môi trường đối với một cơ sở sản xuất được thực hiện tối đa 2 lần trong 1 năm và phải báo trước 3 ngày.
Các cuộc thanh tra đột xuất chỉ được thực hiện khi cơ sở có dấu hiệu vi phạm, có đơn khiếu nại tố cáo, hoặc do Chủ tịch UBND tỉnh, Bộ trưởng Bộ TNMT yêu cầu.
Song thực chất ở địa phương hầu như không bao giờ kiểm tra đột xuất. Tất cả các cuộc thanh tra, kiểm tra đều báo trước, khó có thể phát hiện được gì.
Ông Hoàng Văn Thống, Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ môi trường - Sở tài nguyên Môi trường tỉnh Đồng Nai cho biết: "Hàng năm chúng tôi có đi kiểm tra, nhưng cũng rất khó khăn trong hoạt động vì gặp phải nhiều cản trở".
Thực tế, lực lượng cảnh sát môi trường - một lực lượng mới thành lập được xem là hoạt động rất hiệu quả, nhưng lâu nay cũng chỉ dựa trên nghiệp vụ điều tra, chưa có quy định cụ thể về quyền năng pháp lý.
Là cơ quan tham gia tố tụng, được quyền xử phạt lên tới 500 triệu đồng, nhưng Cảnh sát Môi trường không được khám xét , tạm giữ người và tang vật khi phát hiện dấu hiệu vi phạm. Như vậy, không thể biết được mức độ vi phạm như thế nào.
Lực lượng CSMT chỉ phát hiện hành vi vi phạm ban đầu, không có chức năng khởi tố hình sự. Việc khởi tố hình sự do cơ quan cảnh sát điều tra thực hiện. Để truy cứu trách nhiệm hình sự phải có yếu tố cấu thành tội phạm và đã từng bị xử lý vi phạm hành chính.
Trong gần 10 năm qua, kể từ khi Luật hình sự bổ xung chương 17 về Tội phạm môi trường, nước ta mới chỉ có một vài phiên toà xử loại tội phạm này.
Đại tá Nguyễn Xuân Lý, Cục trưởng Cục Cảnh sát Môi trường cho biết: "Chúng tôi chỉ phát hiện ban đầu, có dấu hiệu cấu thành tội phạm mới chuyển cho cơ quan cảnh sát điều tra, điều này làm giảm tính răn đe".
Một bất cập nữa trong công tác xử lý vi phạm môi trường là thời gian làm thủ tục xử lý quá chậm trễ. Đối với vụ đổ trộm 60 tấn chất thải của Hyun đai - Vinashin ra môi trường, đến nay sau gần 3 tháng, cơ quan chức năng vẫn chưa có quyết định cuối cùng do chưa có kết quả phân tích mẫu chất thải.
Mặc dù Bộ TN - MT đã yêu cầu xử lý thật nghiêm minh hành vi này vì Hyun đai - Vinashin không chỉ đổ trộm chất thải nguy hại, tại thời điểm đó Hyun đai - Vinashin còn tồn đọng gần 600.000 tấn hạt NIX thải, thường xuyên gây ô nhiễm nghiêm trọng cho khu dân cư… Nhưng Hyun đai - Vinashin mới chỉ bị xử phạt hành chính 51 triệu đồng - số tiền quá khiêm tốn đối với một đơn vị có doanh thu hàng triệu USD/năm. Điều này có thể lý giải vì sao Hyun đai - Vinashin liên tục chịu phạt vi phạm hành chính, không xử triệt để chất thải.
Mặc dù Nghị định 81 về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường đã được điều chỉnh, tăng mức xử phạt hành chính cao nhất từ 70 triệu đồng lên 500 triệu đồng, nhưng theo nhiều chuyên gia môi trường, mức xử phạt này vẫn còn khá nhẹ, so với việc phải bỏ ra một khoản chi phí lớn hơn rất nhiều lần để đầu tư và vận hành hệ thống xử lý chất thải.