Môi trường biển bị ô nhiễm nặng do chất thải từ hoạt động công nghiệp, nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản, chất thải sinh hoạt nên chất lượng trầm tích, đáy biển là nơi cư trú của nhiều loài sinh vật đáy cũng ô nhiễm quá mức theo quy định của hầu hết các chuẩn quốc tế... Vì vậy, cần phải triển khai các giải pháp đồng bộ để bảo vệ và phát triển bền vững hệ sinh thái này.

Hiện có tới 62% tổng diện tích rừng ngập mặn trên toàn quốc là rừng trồng mới, thuần loại, chất lượng rừng kém cả về kích cỡ, chiều cao cây và đa dạng thành phần loài. Những cánh rừng ngập mặn tự nhiên hầu như không còn. Sự suy thoái thể hiện rõ nét nhất qua sự suy giảm nhanh chóng về diện tích và chất lượng các khu rừng ngập mặn.

Cụ thể như năm 1943 Việt Nam có hơn 408.500 ha rừng ngập mặn, thì đến năm 2006 chỉ còn 209.741 ha và chủ yếu là rừng trồng mới. Mất rừng ngập mặn chính là làm mất bãi đẻ của các loài thủy sản, mất nơi cư trú di cư của các loài chim nước, chức năng chống phèn hóa, ngăn ngừa xói lở bờ biển, hạn chế tác hại của bão lũ, triều cường.

Năm 2001, diện tích phân bố rạn san hô biển Việt Nam khoảng 110.000 ha, song theo số liệu điều tra nghiên cứu của Viện Tài nguyên và Môi trường biển hiện chỉ còn 14.130 ha. Các kết quả điều tra tại 7 vùng san hô trọng điểm cho thấy chỉ có 2,9% diện tích được đánh giá là trong điều kiện sinh trưởng tốt; 11,6% ở trong tình trạng tốt, còn 44.9% rơi vào tình trạng xấu và rất xấu.

Rạn san hô ở vùng quanh đảo Cô Tô (Quảng Ninh) vốn được xem là phát triển rất tốt, tỷ lệ phủ đạt 60-80%, có nơi 100%. Nhưng gần đây rạn san hô ở khu vực này hầu như đã chết hoàn toàn. Nguyên nhân gây chết do ngư dân đánh bắt cá ở rạn san hô bằng hóa chất độc Xianua từ những năm 2002-2006, làm cho san hô chết hàng loạt vào thời gian này.

Riêng hệ sinh thái thảm cỏ biển được xem là hệ sinh thái có năng suất sinh học cao, là nguồn cung cấp thức ăn cho các loài hải sản. Số loài cư trú trong vùng thảm cỏ biển thường cao hơn vùng biển bên ngoài từ 2 đến 8 lần. Cách đây 5 năm, thảm cỏ biển ven bờ Việt Nam còn tới 12.380 ha, chủ yếu thuộc về vùng bờ biển đảo Phú Quốc (Kiên Giang). Nhưng cũng giống như rạn san hô, thảm cỏ biển đang mất dần diện tích, một phần do tai biến thiên nhiên, một phần do lấn biển để xây dựng các công trình và làm đầm, ao nuôi thủy sản. Nên đến nay độ che phủ của thảm cỏ biển tại nhiều khu vực đã giảm một nửa diện tích so với năm 2007./.