Tuy nhiên, việc các bệnh viện công thực hiện tự chủ cũng sẽ có những mặt trái, cho nên cần có biện pháp khắc phục. Tự chủ, các bệnh viện được tự quyết định về nhân lực, phần lớn các đơn vị sẽ "tiết kiệm" nguồn nhân lực, duy trì số lượng nhân lực ở mức vừa phải để giảm bớt chi phí. Thực tế hiện nay có bệnh viện bình quân khoảng 1,3 cán bộ y tế/ giường bệnh, nhưng cũng có đơn vị, tỷ lệ này chỉ khoảng 0,8 cán bộ/ giường bệnh. Do vậy, bên cạnh việc ban hành các quy trình chuẩn về chuyên môn, trang thiết bị, ngành y tế cũng cần có những quy chuẩn về tỷ lệ nhân lực và giường bệnh. Nguồn nhân lực bảo đảm về số lượng và chất lượng không chỉ duy trì chất lượng khám chữa bệnh mà còn là biện pháp bảo đảm an toàn cho người bệnh và nhân viên y tế, nhất là bảo đảm quyền lợi theo Luật Lao động cho thầy thuốc.

Thực hiện tự chủ về tài chính tạo ra áp lực bệnh viện phải tăng nguồn thu để chi trả các chi phí thường xuyên duy trì hoạt động của đơn vị và tích lũy cho đầu tư phát triển. Thời gian qua, để tăng nguồn thu, tại một số bệnh viện đã xảy ra tình trạng lạm dụng dịch vụ y tế, trục lợi quỹ bảo hiểm y tế. Do đó, tự chủ tài chính không chỉ là lo tăng nguồn thu mà còn phải khắc phục tình trạng lạm dụng dịch vụ y tế. Cần bảo đảm hài hòa quyền lợi các bên, bệnh viện tăng nguồn thu nhưng phải tương xứng với chất lượng khám, chữa bệnh và các dịch vụ. Các bệnh viện cần hợp tác với bảo hiểm xã hội để bảo đảm nguồn thu mà vẫn bảo tồn quỹ bảo hiểm y tế. Với vai trò là trung tâm, người bệnh cần được bảo đảm hưởng chất lượng dịch vụ y tế cũng như tinh thần phục vụ ngày càng cao và được bảo đảm an toàn ở mức cao nhất.

Trong bệnh viện, hiện có rất nhiều nguy cơ có thể gây mất an toàn cho người bệnh và cả nhân viên y tế như: phẫu thuật nhầm, kê, phát thuốc nhầm; chất lượng trang thiết bị, chất lượng thuốc… An toàn người bệnh không chỉ trong việc mổ xẻ hay trong quá trình sử dụng dịch vụ y tế mà ngay cả việc sử dụng các phương tiện, thiết bị, dịch vụ... trong bệnh viện như thang máy, xe đẩy, nhà vệ sinh... Ðã có những người bệnh bị ngã, đột quỵ trong nhà vệ sinh. Do đó, khi tự chủ tài chính, không còn ngân sách nhà nước cấp thì các cơ sở y tế vẫn phải đặt tiêu chí an toàn người bệnh lên hàng đầu, từ lúc họ vào viện đến lúc ra viện.

Mặt khác, các cơ sở khám, chữa bệnh cần tiếp tục nâng cao tinh thần, thái độ phục vụ người bệnh; đồng thời tăng cường vệ sinh bệnh viện, cải cách thủ tục khám, chữa bệnh và thanh toán bảo hiểm y tế. Ngoài ra, có phương án bảo đảm an ninh trật tự trong bệnh viện, giữ an toàn cho cả thầy thuốc và người bệnh.