Ðạt được những thành tựu quan trọng này, khoa học công nghệ (KHCN) đóng vai trò to lớn. Nhiều kết quả nghiên cứu đã được ứng dụng vào sản xuất, góp phần tăng năng suất, sản lượng, chất lượng sản phẩm nông nghiệp, thủy sản, lâm nghiệp với tốc độ cao.

Nhiệm vụ trọng tâm của KHCN nông nghiệp là hướng vào nghiên cứu phát triển nền nông nghiệp toàn diện theo hướng hiện đại, gắn với phát triển công nghiệp và dịch vụ ở nông thôn. Phát triển KHCN và chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, đào tạo nguồn nhân lực, tạo đột phá để HÐH nông nghiệp, CNH nông thôn; Ðổi mới và xây dựng các hình thức tổ chức sản xuất, dịch vụ, nhất là phát triển nhanh doanh nghiệp ở nông thôn; đổi mới cơ chế chính sách để huy động các nguồn lực phát triển kinh tế nông thôn.

Ðầu tư từ ngân sách Nhà nước cho KH và CN nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy lợi và thủy sản từ năm 2006 đến  năm 2010 tăng trung bình khoảng 11%/năm; tổng kinh phí từ nguồn vốn sự nghiệp khoa học cả giai đoạn hơn 2.400 tỷ đồng.

Nghiên cứu khoa học phát triển tạo điều kiện cho sản xuất nông nghiệp hàng hóa tăng thêm tính cạnh tranh. Thị trường xuất khẩu được mở rộng, nhiều mặt hàng có thị phần lớn và chiếm vị thế cao trên thế giới. Trong lĩnh vực xuất khẩu nông, lâm, thủy sản, là ngành duy nhất liên tục xuất siêu, riêng giai đoạn 2006-2008 xuất siêu hơn

2,6 tỷ USD/năm với tốc độ tăng kim ngạch xuất khẩu cao, kể cả trong những giai đoạn kinh tế gặp khó khăn. Kim ngạch xuất khẩu tăng với tốc độ 24%/năm và tổng kim ngạch 16.475 triệu USD năm 2008 đã vượt chỉ tiêu kế hoạch đề ra cho năm 2010 hơn 52%.

Về nghiên cứu cơ bản phục vụ chọn tạo giống cây trồng, nông nghiệp Việt Nam đã xây dựng được bản đồ di truyền của các giống lúa chịu mặn; chuyển nạp thành công nhiều dòng lúa biến đổi gien giàu vitamin A, sắt và protein; xây dựng quy trình chuyển giao gien trên cây bông vải thông qua vi khẩu Agrobacterium.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã công nhận hơn 150 giống lúa, 31 giống ngô, chín giống khoai lang, tám giống khoai tây, 19 giống đậu tương, tám giống bông, 14 giống cao-su... phục vụ hiệu quả trong việc chuyển đổi cơ cấu cây trồng và sản xuất nông nghiệp.

Tuy đã đạt được nhiều thành tựu nhưng quá trình chuyển giao và ứng dụng công nghệ trong sản xuất nông nghiệp diễn ra còn chậm, chưa đáp ứng yêu cầu tăng trưởng nhanh của nền kinh tế, chưa tạo bước chuyển biến mạnh trong sản xuất nông nghiệp. Chuyển giao công nghệ trong nông nghiệp chưa tiến hành theo một quy trình hợp lý và tổ chức chặt chẽ. Việc chuyển giao công nghệ thường thông qua nhiều kênh khác nhau. Trong đó có những kênh của các tổ chức nghiên cứu khoa học, đào tạo cán bộ, có những kênh hợp tác xã, kênh tư nhân và các dự án hỗ trợ, dự án nhân đạo của các tổ chức chính phủ và NGOs nhưng việc tổ chức quản lý nhà nước chưa chặt chẽ.

Các kênh chuyển giao công nghệ khi đưa về từng địa bàn cụ thể thường không được kết hợp, lồng ghép với nhau nên không tạo nên hiệu quả tổng hợp, thậm chí có những trường hợp còn cản trở lẫn nhau.

Một số công nghệ khi đưa vào sản xuất chưa được thẩm định và đánh giá đầy đủ theo đúng trình tự cần thiết. Các công nghệ này khi đưa vào sản xuất tạo ra những rủi ro lớn.

Một số công nghệ được lựa chọn chưa phù hợp với điều kiện cụ thể của địa phương như đất đai, khí hậu, tập quán canh  tác, cơ sở vật chất kỹ thuật. Nhiều mô hình ứng dụng công nghệ được xây dựng ở hầu khắp các địa phương trong cả nước nhưng việc mở rộng mô hình sản xuất đại trà đang gặp nhiều khó khăn. Nhiều tỉnh có hàng trăm mô hình ứng dụng KH và CN nhưng không tạo được chuyển biến vào sản xuất nông nghiệp.

Trong thời gian tới, để phát triển sản xuất nông nghiệp hàng hóa cần có nhiều biện pháp đồng bộ, trong đó, nhấn mạnh đến KH và CN, nhất là công nghệ sinh học trong công tác chọn tạo giống cây trồng, vật nuôi mới, kể cả các giống có ưu thế lai, đặt cơ sở cho việc áp dụng các giống chuyển gien; Phát triển và ứng dụng các công nghệ trước, trong và sau sản xuất theo hướng đồng bộ, khép kín và hiện đại hóa, nhất là quy trình thâm canh cây trồng, vật nuôi theo hướng tiết kiệm vật tư và lao động, các công nghệ sản xuất tiên tiến.