10 năm qua, số lượng các trường ĐH, CĐ tăng lên nhưng thực tế chất lượng đào tạo còn nhiều hạn chế như: Trình độ giáo viên còn yếu kém, cơ sở vật chất còn thiếu thốn… Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân cho rằng, các trường ĐH, CĐ muốn nâng cao chất lượng giáo dục thì trước tiên phải bồi dưỡng và nâng cao chất lượng giảng dạy của giáo viên, trong đó chú trọng tới vai trò quản lý, giảng dạy của các Giáo sư, Tiến sĩ, Thạc sĩ. Nếu các trường ĐH, CĐ không biết tận dụng đội ngũ trí thức này thì chất lượng giáo dục khó có thể cải tiến được.

Một thực tế nữa trong ngành Giáo dục-Đào tạo hiện nay, đó là chương trình giáo dục trong sách giáo khoa, giáo trình của các trường ĐH, CĐ còn nhiều hạn chế vì kiến thức còn lạc hậu, không theo kịp với thế giới. Vì thế, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân khẳng định, đã đến lúc, nếu không nói là quá muộn cần phải chỉnh sửa, bổ sung kiến thức ở chương trình sách giáo khoa, giáo trình ĐH, CĐ. Các trường ĐH, CĐ cần phải thường xuyên tổ chức những hội nghị chuyên đề đổi mới viết sách giáo khoa, giáo trình bằng cách mời những Giáo sư, Tiến sĩ, các nhà khoa học, nghiên cứu có trình độ chuyên môn, kinh nghiệm lâu năm viết không nên để các Thạc sĩ, cử nhân tốt nghiệp ĐH, CĐ viết.

Bên cạnh đó, các trường ĐH, CĐ cần chú trọng tới việc kết hợp sử dụng chương trình giảng dạy nước ngoài đã được kiểm định vào giảng dạy, Phó Thủ tướng lưu ý.

Theo khảo sát của Thanh tra Bộ Giáo dục và Đại học, trong 10 năm qua, mặc dù số lượng trường ĐH, CĐ (cả công lập và ngoài công lập) tăng lên 198 trường (78 trường ĐH, 120 trường CĐ) so với trước năm 1998 nhưng có tới 1/2 trường có cơ sở vật chất, phòng thí nghiệm còn thiếu thốn; diện tích đất còn nhỏ hẹp. Trước thực trạng đó, bà Trần Thị Hà - Vụ trưởng Vụ ĐH và sau ĐH cho rằng, ngoài sự hỗ trợ từ ngân sách Nhà nước, các địa phương nên kêu gọi sự ủng hộ, đóng góp của các doanh nghiệp và nhân dân xây dựng, nâng cấp trường học, bổ sung trang thiết bị cho các phòng thí nghiệm.