Thứ hai: Các hiện tượng gian lận, tiêu cực chưabị phát hiện kịp thời, xử lý không dứt điểm, thiếu cương quyết.

Thứ ba: Đào tạo ĐH,CĐ hệ không chính quy và hoạt động liên kết đào tạo của nhiều trường còn mất cân đối về cơ cấu ngành nghề, trình độ đào tạo và hình thức đào tạo; tổ chức và quản lý giảng dạy chưa đúng quy định. Việc đánh giá luận văn, luận án vẫn còn nể nang, xuê xoa, chưa thực sự nghiêm khắc, thẳng thắn và khách quan.

Thứ tư: Đối với các trường thành lập mới, nâng cấp từ trung cấp chuyên nghiệp lên cao đẳng, cao đẳng lên đại học (chủ yếu là các trường tư thục và trường đóng tại các địa phương) chưa thực hiện đúng các cam kết khi thành lập trường, tiến độ triển khai kế hoạch xây dựng và phát triển trường chậm làm ảnh hưởng đến điều kiện đảm bảo chất lượng đào tạo. Hạn chế lớn nhất là đội ngũ giảng viên cơ hữu thiếu về số lượng và yếu về chất lượng. Ngoài ra, cơ sở vật chất, trang thiết bị thí nghiệm, thực hành vẫn còn thiếu thống nhiều, hệ thống thư viện nhỏ bé, nghèo nàn, chưa cung cấp đủ thông tin cho giảng viên và người học, chưa đáp ứng được yêu cầu đào tạo, nghiên cứu khoa học. Quy mô đào tạo của các trường, nhìn chung, vượt quá khả năng cho phép theo quy định và năng lực đào tạo để đảm bảo chất lượng.

Thứ năm: Năng lực quản lý của Ban Giám hiệu một số trường ĐH, CĐ chưa xứng tầm, còn yếu, bộc lộ nhiều hạn chế nên công tác chỉ đạo, điều hành các hoạt động của trường còn lúng túng, bị động và kém hiệu quả, dẫn đến sai sót, vi phạm quy chế, vi phạm pháp luật bị xử lý kỷ luật hoặc bị truy tố trước pháp luật. Một số trường ngoài công lập nội bộ còn mất đoàn kết, mâu thuẫn giữa Hội đồng quản trị với Ban giám hiệu nhà trường, đã dẫn đến khiếu kiện tố cáo lẫn nhau.