Sau rất nhiều trao đổi qua lại giữa Hội đồng họ Lê ở Việt Nam, UBND tỉnh Thanh Hóa, Bộ VH - TT - DL và sự góp ý của nhiều nhà khoa học, địa điểm hoàn táng quay về lại đúng huyệt đạo đã đặt mộ vua ngày trước tại làng Bái Trạch. Nguyện vọng dân làng Bái Trạch muốn đưa Cụ về lại đúng chỗ, dân làng sẽ chăm sóc lăng mộ Cụ. Quách bằng hợp chất từ khi phát lộ vẫn còn nguyên tại mộ cũ, vừa rồi khai quật đã sửa sang lại đảm bảo chuẩn kỹ thuật, để tới đây thi hài vua sẽ đặt vào đúng quách ngày xưa theo đúng nguyện vọng của dòng họ Lê.
Để đảm bảo không gian cho việc quy hoạch khu lăng mộ vua Lê Dụ Tông sau này, 9 hộ dân làng Bái Trạch đã đồng thuận di dời. Khu lăng mộ sẽ có diện tích tới trên 5000 m2.
Riêng quan tài và các vật tùy táng đã được liệm theo vua ngày xưa, do khi khai quật lên vào năm 1958 đã có phần hư hỏng, ra tiếp xúc với không khí trong vài chục năm lại càng không thể còn nguyên vẹn, nên dòng họ Lê cũng thống nhất các hiện vật gốc sẽ được lưu giữ thành cổ vật tư liệu của Bảo tàng Lịch sử về một vị vua.
Quan tài mới được làm đúng bằng gỗ Ngọc Am, theo đúng kích thước, hoa văn cũ, nặng tới 700 kg, sẽ được chuyển ra Hà Nội vào ngày 23/1. 32 bộ áo cũng sẽ được may mới theo đúng màu sắc, hoa văn cũ, nhưng không thể "y hệt" ngày xưa, bởi theo thông tin của BTC, để có thể "phục dựng" một bộ long bào theo đúng kiểu xưa sẽ mất 2 năm và chi phí 1 tỷ đồng.
Thứ trưởng Trần Chiến Thắng (Bộ VH - TT - DL), Trưởng ban tổ chức, nhận xét: Do đây không phải lễ an táng (lần đầu), quy định hiện nay cũng không phù hợp với thời phong kiến, nên chúng tôi đã thống nhất việc tổ chức lễ hoàn táng không bắt buộc phải theo nghi thức dành cho một vị vua đương nhiệm. Sẽ là sự kết hợp giữa nghi thức truyền thống với nghi thức hiện hành để đảm bảo sự trang trọng.
Theo đó, lễ nhập quan sẽ được tổ chức tại Bảo tàng Lịch sử Hà Nội vào lúc 1h sáng ngày 25/1/2010. Rất ít người được phép chứng kiến nghi lễ này. Đội nghi lễ nhà tang lễ Bộ Quốc Phòng sẽ thực hiện nghi thức rước thi hài vua lên xe, sau đó di chuyển về làng Bái Trạch theo trục đường Láng - Hòa Lạc - đường Hồ Chí Minh vào Lam Kinh - làng Bái Trạch. Khi đến Lam Kinh (nơi có mộ vua Lê Thái Tổ) sẽ dừng lại 10 phút làm lễ Yết cáo tổ tiên.
Nghi lễ chính thức sẽ được tổ chức tại làng Bái Trạch với văn tế của Lãnh đạo UBND tỉnh Thanh Hóa, lãnh đạo Bộ VH - TT - DL đọc lời cáo kỵ. Lễ hoàn táng sẽ kết thúc lúc 11h cùng ngày. Giải thích lý do buổi lễ bắt đầu lúc 1h sáng chứ không phải buổi tối như các lễ hoàn táng, cải táng thông thường, ông Trần Chiến Thắng cho biết vì không muốn buổi lễ bị kéo dài thành 2 ngày, lại phải di chuyển một đoạn đường rất xa.
Thay mặt ban tổ chức, Thứ trưởng Trần Chiến Thắng cũng có lời nhắn gửi tới những người dân muốn vào tham dự lễ hoàn táng hãy tuân theo sự sắp xếp của Ban tổ chức để nghi lễ có thể tiến hành trang trọng.