Ngoài các vấn đề cơ bản đã được thực hiện từ trước nay vẫn duy trì như tăng cường thanh tra các kỳ thi tốt nghiệp phổ thông, tuyển sinh đại học - cao đẳng (ĐH-CĐ), đổi chéo bài thi tự luận giữa các tỉnh... thì năm nay, Bộ đã sớm công bố sẽ không tổ chức kỳ thi lần 2 tốt nghiệp THPT, Bổ túc THPT.
Riêng công tác tuyển sinh ĐH-CĐ năm nay có các vấn đề mới như sau:
1. Điểm ưu tiên tuyển sinh ĐH-CĐ:
- Đối với các trường đóng tại vùng dân tộc thiểu số, mức chênh lệch điểm trúng tuyển giữa các nhóm đối tượng được phép lớn hơn 1,0 điểm, nhưng không quá 1,5 điểm, để số thí sinh trúng tuyển là người dân tộc thiểu số đạt tỷ lệ cần thiết.
- Đối với các trường được giao chỉ tiêu tuyển sinh đào tạo theo địa chỉ sử dụng và các trường có nhiệm vụ đào tạo nhân lực cho địa phương, mức chênh lệch điểm trúng tuyển giữa các khu vực được phép lớn hơn 0,5 điểm, nhưng không quá 1,0 điểm để tuyển đủ chỉ tiêu đã được giao.
2. Chỉ tiêu đào tạo trung cấp chuyên nghiệp năm 2009:
Các trường đại học, nhất là các trường không có truyền thống đào tạo trung cấp chuyên nghiệp (TCCN) sẽ điều chỉnh theo hướng giảm dần từ 2009 đến năm 2012 (mỗi năm giảm từ 15% đến 20%) để tập trung vào nhiệm vụ chính là đào tạo bậc ĐH và sau ĐH. Ngoài ra, việc xác định chỉ tiêu đào tạo TCCN còn căn cứ vào các hợp đồng đào tạo theo địa chỉ để đáp ứng nhu cầu của các cơ quan, doanh nghiệp sử dụng lao động.
3. Lệ phí thi và tuyển sinh:
Bộ GD-ĐT sẽ đề nghị Bộ Tài chính tăng lệ phí tuyển sinh và thu một lần lệ phí đăng ký dự thi khi thí sinh nộp hồ sơ đăng ký dự thi tuyển sinh ĐH-CĐ.