Cơ quan chủ quản của 74 tạp chí ÐT khá đa dạng, như: tổ chức chính trị - xã hội nghề nghiệp; tổ chức xã hội - nghề nghiệp; tổ chức xã hội; cơ quan Ðảng, Nhà nước, tổ chức chính trị - xã hội, nhà trường… Với trang thông tin điện tử tổng hợp (TTÐTTH), đến ngày 31-7-2019 cả nước đã có 2.722 trang được cấp giấy phép hoạt động báo chí, trong đó 543 trang do Cục Phát thanh, Truyền hình và Thông tin điện tử (Bộ Thông tin và Truyền thông) cấp, 2.179 trang do Sở Thông tin và Truyền thông và một số sở khác của các tỉnh, thành phố cấp. Do đó về nguyên tắc, khi đã được cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép hoạt động báo chí, mọi tạp chí ÐT và trang TTÐTTH có trách nhiệm phải bảo đảm là sản phẩm báo chí vận hành theo nội dung đã ghi rõ trong giấy phép hoạt động, từ phù hợp với tôn chỉ, mục đích... đến cách thức tổ chức bài vở đáp ứng các nhu cầu của đối tượng phục vụ, luôn hoạt động trong khuôn khổ và quy định của pháp luật…
Theo khoản 15 Ðiều 3 Luật Báo chí (năm 2016), "Tạp chí điện tử là sản phẩm báo chí xuất bản định kỳ, đăng tin, bài có tính chất chuyên ngành, được truyền dẫn trên môi trường mạng". Ðịnh nghĩa cho thấy tính chuyên ngành của tạp chí ÐT là yếu tố chi phối nội dung của các sản phẩm báo chí này, và đồng thời xác định việc xuất bản tin, bài trên tạp chí ÐT có tính định kỳ, tương ứng với tin, bài của tạp chí in (nếu có) thường được xuất bản theo chu kỳ. Quy chiếu từ hai nội dung đó, theo cơ quan chức năng thì thời gian qua, về cơ bản một số tạp chí ÐT đã hoạt động phù hợp với tôn chỉ, mục đích như: thực hiện đúng quy định về nội dung thông tin trên giao diện trang chủ, cũng như đặt tên mục và chuyên mục; hoàn thành tương đối tốt việc tuyên truyền chủ trương, đường lối của Ðảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước theo đúng chức năng, nhiệm vụ của cơ quan chủ quản; đồng thời thông tin kịp thời một số công trình nghiên cứu khoa học, phân tích, đánh giá, góp phần làm sáng tỏ một số vấn đề có tính chất lý luận, tham gia tổng kết thực tiễn và đề xuất giải pháp phù hợp… Tuy nhiên, hoặc có thể do xuất bản định kỳ và việc đăng tin, bài có tính chất chuyên ngành khó thu hút bạn đọc; hoặc có thể do muốn mượn danh nghĩa một sản phẩm báo chí đã được cấp giấy phép hoạt động báo chí để hợp thức hóa một trang mạng sao cho có thể tồn tại như báo điện tử hay trang TTÐTTH, nên hầu như trên thực tế số tạp chí ÐT nghiêm túc tuân thủ nội dung của giấy phép hoạt động báo chí là khá hiếm hoi. Phần lớn tạp chí ÐT có xu hướng "báo hóa" trang mạng của mình, thậm chí có xu hướng xa rời, đi ngược tôn chỉ, mục đích đã ghi trên giấy phép hoạt động báo chí... Ðó là tình trạng cần sớm khắc phục.
Về hình thức, theo cơ quan chức năng thì biểu hiện rõ nhất của tình trạng trên là giao diện trang chủ một số tạp chí ÐT không ghi rõ tên cơ quan chủ quản, tên lãnh đạo cơ quan báo chí; giấy phép hoạt động báo chí là tạp chí ÐT nhưng trên giao diện lại ghi là "báo điện tử"; thông tin về giấy phép xuất bản báo chí không cụ thể (thời gian cấp, cơ quan cấp); có giao diện trang chủ của tạp chí ÐT được thiết kế tương tự giao diện trang chủ báo điện tử với các chuyên mục, mục cập nhật tin tức thời sự qua các tiêu đề như "24h", "24/7"; thiếu địa chỉ, hộp thư điện tử (email); số lượng tin bài do tòa soạn tạp chí ÐT tổ chức bị lấn át so với số lượng tin bài khai thác từ các nguồn khác và đôi khi không ghi rõ nguồn... Tuy nhiên cũng theo cơ quan chức năng, vấn đề đáng quan tâm hơn cả là nội dung thông tin công bố trên tạp chí ÐT. Theo đó, nhiều tạp chí ÐT sa đà vào những vấn đề thời sự, chính trị, xã hội, cụ thể là tập trung vào các hiện tượng tiêu cực trong công tác bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm, môi trường, xây dựng, các vụ án mạng,...; khai thác tin bài từ báo in, hoặc báo điện tử khác; tự tiến hành bài điều tra, phóng sự, phỏng vấn, bình luận thời sự; thậm chí có tạp chí ÐT đăng video-clip, phim tài liệu, phóng sự hình ảnh như chương trình truyền hình với nội dung hoàn toàn không liên quan tôn chỉ, mục đích. Ðáng chú ý là một số địa chỉ là trang mạng của tạp chí ÐT nhưng lại có tên miền là "báo", hoặc rất khó hiểu (như: luxurydaily.vn, viettimes.vn, vnbtimes.vn...). Một số tạp chí ÐT lập văn phòng đại diện ở địa phương, cử phóng viên thường trú, và xây dựng đội ngũ cộng tác viên một cách thiếu chọn lọc; tùy tiện làm ra "thẻ phóng viên", "thẻ cộng tác viên" không đúng quy định, rồi cấp các "thẻ" này hoặc giấy giới thiệu để một số người không có chức năng sử dụng. Hậu quả là có người đã lợi dụng danh nghĩa phóng viên, cộng tác viên của tạp chí ÐT để đi vòi vĩnh, dọa dẫm đơn vị, doanh nghiệp, cá nhân, và do vi phạm pháp luật mà một số người đã bị xử lý.
Dù rằng việc được cung cấp thông tin, tiếp xúc các bình luận và đánh giá, biểu dương, khuyến khích, cảnh báo... về các vấn đề, sự kiện, hiện tượng xã hội và con người trong lĩnh vực chính trị, kinh tế, văn hóa, giáo dục, khoa học, thể thao, sức khỏe... ở Việt Nam và thế giới là nhu cầu chung của bạn đọc, song tính chuyên ngành của sản phẩm báo chí đã được ghi rõ trong giấy phép hoạt động của mỗi tạp chí ÐT đã bao hàm sự khu biệt, giới hạn về thông tin. Vì vậy, mỗi tạp chí ÐT cần xác định tính chuyên ngành là chủ đề trọng tâm, cơ bản, chủ đạo, sản phẩm báo chí chủ yếu cung cấp thông tin liên quan lĩnh vực chuyên ngành. Tất nhiên, để không lâm vào tình trạng khô khan, thiếu hấp dẫn đối với bạn đọc không hoạt động trong lĩnh vực chuyên ngành... các tạp chí ÐT có thể điểm xuyết bằng một số thông tin lành mạnh, sinh động, nhưng sự điểm xuyết đó không phải là cập nhật tin tức thời sự thường xuyên, không thể giữ vai trò thông tin chủ đạo và lấn át, biến tính chuyên ngành chỉ còn là cái "cớ" để tạp chí ÐT vượt ra ngoài khuôn khổ tôn chỉ, mục đích để tồn tại như báo điện tử.
Ðáng tiếc là trên thực tế, tình trạng vượt ra ngoài khuôn khổ tôn chỉ, mục đích lại khá phổ biến trên một số tạp chí ÐT. Không quá khó để nhận thấy điều này khi khảo sát tại rất nhiều tạp chí ÐT. Chẳng hạn là tạp chí ÐT của tổ chức người mẫu nhưng lại tràn ngập thông tin diễn viên, ca sĩ trong nước và quốc tế, với các tít bài như "Lý Băng Băng vòng một phẳng lì đối lập với Angelababy "căng đầy" trên thảm đỏ", "Pha xử lý váy lộ liễu nhưng vô cùng đáng yêu của H’Hen Niê trước nguy cơ lộ hàng"... cùng với đó là một số chuyên mục, mục (Công nghệ - xe, Bóng đá, Mobile, Internet, Du học, Giảng đường, Hẹn yêu,...). Dù có lượng tin bài rất lớn song phần lớn đều không liên quan hoặc không đúng với tôn chỉ, mục đích. Tạp chí ÐT khác lại có chuyên mục "Tin tức thời sự 24h mới nhất, nóng nhất hôm nay" liên tục cập nhật tin tức thời sự ở trong nước và ngoài nước, tồn tại cùng các mục hoàn toàn không liên quan lĩnh vực hoạt động của cơ quan chủ quản như kết quả xổ số, giá vàng, tỷ giá ngoại tệ hoặc loạt bài, phóng sự điều tra. Tương tự, tạp chí ÐT có cơ quan chủ quản là một tổ chức liên quan tới các lĩnh vực giáo dục, khoa học, văn hóa có xu hướng "báo hóa" khá đậm nét với các chuyên mục liên tục cập nhật thông tin trên hầu hết lĩnh vực trong nước và quốc tế; đồng thời còn có các chuyên mục về thế giới, kinh tế, địa ốc với số tin, bài phần lớn không phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, lĩnh vực hoạt động của cơ quan chủ quản. Hay một tạp chí ÐT có cơ quan chủ quản liên quan mỹ nghệ, kim hoàn, đá quý nhưng lại có tin, bài hoàn toàn không liên quan gì đến mỹ nghệ, kim hoàn, đá quý như: khai trương xưởng thực hành đào tạo kỹ thuật ô-tô, kinh tế ven biển, doanh nghiệp dệt may, xơ sợi Việt Nam trong căng thẳng tiền tệ, bí quyết cải thiện da khô mạn tính, 11 rủi ro khiến nhà đầu tư bất động sản mất sạch vốn...
Theo khoản 20 Ðiều 3 Luật Báo chí (năm 2016) "Trang thông tin điện tử tổng hợp là sản phẩm thông tin có tính chất báo chí của cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp, cung cấp thông tin tổng hợp trên cơ sở đăng đường dẫn truy cập tới nguồn tin báo chí hoặc trích dẫn nguyên văn, chính xác nguồn tin báo chí theo quy định của pháp luật về sở hữu trí tuệ". Như vậy, trang TTÐTTH là địa chỉ thu thập, tổng hợp thông tin để cung cấp cho người đọc theo đường dẫn, không được vi phạm quy định pháp luật về sở hữu trí tuệ, việc tổ chức sản xuất bài vở không phải là chức năng, nhiệm vụ của trang TTÐTTH.
Phải khẳng định những năm gần đây, nhiều trang TTÐTTH hoạt động khá tích cực, góp phần truyền tải thông tin bổ ích, thiết thực… đến với bạn đọc, giúp bạn đọc có cơ hội tiếp xúc nhiều, nhanh, cập nhật hơn với thông tin liên quan chủ đề, đề tài họ quan tâm. Nhưng nếu không tổ chức, quản lý chặt chẽ, mải chạy theo thông tin giật gân, câu khách nhằm tăng số người truy cập thì trang TTÐTTH rất dễ bị lạm dụng. Và trên thực tế, tình trạng lạm dụng như vậy ngày càng phổ biến khi một số trang TTÐTTH xây dựng giao diện như báo điện tử gây nhầm lẫn cho người đọc (thí dụ một trang TTÐTTH có giao diện, mầu sắc, hình ảnh, kết cấu, tên chuyên trang, chuyên mục giống hệt hoặc là trùng khớp đến 70% so với giao diện, mầu sắc, hình ảnh, kết cấu, tên chuyên trang, chuyên mục của một báo điện tử khác đã và đang hoạt động); tuy là trang TTÐTTH, nhưng tên miền của một số trang TTÐTTH lại chứa các ký tự như "bao", "phongvien", "tapchi" nên dễ khiến cho người đọc lầm tưởng đó là thông tin chính thức của quốc gia, vùng miền, tỉnh, thành phố. Ðặc biệt, một số trang TTÐTTH tổ chức, vận hành, sản xuất tin bài như báo điện tử với quy trình viết - duyệt - đăng tin, bài, có cơ chế sử dụng, cấp giấy giới thiệu để phóng viên, cộng tác viên đi tác nghiệp viết bài, hoặc yêu cầu các cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp phải có trách nhiệm cung cấp thông tin như với cơ quan báo chí, hoặc yêu cầu ký hợp đồng quảng cáo.
Theo Nhân dân